MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Thermococcus barophilus MP plasmid pTBMP1

Total Repeats: 169

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015471	TCA	2	6	4368	4373	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015471	ATTCT	2	10	4404	4413	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015471	T	6	6	4468	4473	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015471	CCT	2	6	4516	4521	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_015471	AGC	2	6	4575	4580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_015471	TGT	2	6	4604	4609	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015471	ATA	2	6	4663	4668	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015471	ATT	2	6	4747	4752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015471	TC	3	6	4894	4899	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_015471	TTGG	2	8	4920	4927	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015471	TAA	2	6	5049	5054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015471	TAA	2	6	5118	5123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015471	A	6	6	5122	5127	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015471	CCT	2	6	5132	5137	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_015471	TCCCA	2	10	5138	5147	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
16	NC_015471	GAAAAA	2	12	5161	5172	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015471	A	6	6	6769	6774	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015471	GA	3	6	6775	6780	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015471	TA	3	6	8051	8056	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015471	G	6	6	8097	8102	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015471	GT	3	6	8109	8114	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015471	AAG	2	6	8116	8121	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015471	TTA	2	6	8168	8173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015471	ATT	2	6	8175	8180	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015471	TAA	2	6	8190	8195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015471	A	6	6	8210	8215	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015471	A	6	6	8229	8234	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015471	ATT	2	6	8240	8245	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015471	T	6	6	8280	8285	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015471	AC	3	6	8402	8407	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_015471	C	6	6	8413	8418	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
32	NC_015471	TA	3	6	8434	8439	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015471	A	7	7	8530	8536	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015471	ATC	2	6	9482	9487	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_015471	TGT	2	6	9522	9527	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015471	CTA	2	6	9549	9554	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015471	GAGG	2	8	9708	9715	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015471	CCT	2	6	10657	10662	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_015471	TGA	2	6	10918	10923	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015471	TTTG	2	8	10971	10978	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015471	TGG	2	6	12031	12036	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015471	T	6	6	12069	12074	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015471	TC	3	6	12117	12122	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_015471	CTTT	2	8	12149	12156	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_015471	TA	3	6	12161	12166	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015471	ATT	2	6	12183	12188	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015471	TA	3	6	12235	12240	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015471	ATT	3	9	12255	12263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015471	TTA	2	6	12769	12774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015471	GTA	2	6	12862	12867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015471	AAT	2	6	12927	12932	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015471	TGT	2	6	12942	12947	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015471	AT	3	6	12974	12979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015471	AAT	2	6	13013	13018	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015471	TA	3	6	13042	13047	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015471	CTTTTT	2	12	13086	13097	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_015471	AATG	2	8	13116	13123	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015471	TTA	2	6	13133	13138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015471	ACAT	2	8	13760	13767	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_015471	TGT	2	6	13775	13780	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015471	TA	3	6	13805	13810	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015471	ATG	2	6	15117	15122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015471	GGT	2	6	15198	15203	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015471	TAGA	2	8	15214	15221	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015471	ATT	2	6	15410	15415	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015471	AATA	2	8	15418	15425	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015471	AG	3	6	15430	15435	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015471	G	6	6	15439	15444	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015471	ATTA	2	8	16102	16109	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015471	ATT	2	6	17082	17087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015471	T	6	6	17086	17091	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015471	TATC	2	8	17097	17104	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_015471	AGG	2	6	17130	17135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015471	T	7	7	17137	17143	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015471	TCA	2	6	20066	20071	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015471	TA	3	6	21745	21750	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015471	TCCC	2	8	21754	21761	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
78	NC_015471	CTT	2	6	25572	25577	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015471	CA	3	6	25602	25607	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_015471	TATC	2	8	25608	25615	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_015471	ATAG	2	8	28432	28439	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015471	TTA	2	6	28520	28525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015471	ACC	2	6	30132	30137	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_015471	TCT	2	6	30177	30182	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_015471	TTG	2	6	30196	30201	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015471	AGG	2	6	30291	30296	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015471	CAT	2	6	30356	30361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_015471	CCA	2	6	30379	30384	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_015471	ACTTC	2	10	30421	30430	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_015471	CAAA	2	8	30433	30440	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_015471	AAT	2	6	30552	30557	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015471	TCA	2	6	30597	30602	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_015471	A	6	6	30621	30626	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015471	TCT	2	6	30651	30656	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_015471	T	6	6	30662	30667	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015471	TAA	2	6	30686	30691	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015471	CCT	2	6	31088	31093	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_015471	CCT	2	6	31502	31507	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_015471	T	6	6	31584	31589	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015471	AGA	2	6	31633	31638	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015471	GGT	2	6	33195	33200	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015471	GTT	2	6	33496	33501	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015471	AAC	2	6	34578	34583	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015471	T	6	6	34656	34661	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015471	CAC	2	6	37571	37576	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_015471	TG	3	6	37585	37590	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015471	GTT	2	6	39364	39369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015471	TGG	2	6	39383	39388	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015471	A	6	6	39399	39404	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015471	TAA	2	6	39443	39448	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015471	TTG	2	6	42092	42097	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015471	GGTA	2	8	42129	42136	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015471	GAT	2	6	42148	42153	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015471	TAAT	2	8	42165	42172	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015471	TTG	2	6	42232	42237	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015471	GAG	2	6	42238	42243	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015471	TGTT	2	8	42247	42254	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015471	ATT	2	6	42273	42278	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015471	TGT	2	6	42279	42284	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015471	AAGG	2	8	42291	42298	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015471	TTTA	2	8	42344	42351	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015471	A	6	6	42449	42454	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015471	AATT	2	8	42458	42465	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015471	GA	3	6	42473	42478	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015471	AGT	2	6	42507	42512	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015471	TA	3	6	42515	42520	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015471	TAG	2	6	42569	42574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015471	AT	3	6	42656	42661	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015471	GCT	3	9	42690	42698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_015471	TTA	2	6	42706	42711	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015471	AGA	2	6	42726	42731	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015471	AT	3	6	42734	42739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015471	T	6	6	42739	42744	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015471	TGT	2	6	42758	42763	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015471	T	6	6	42777	42782	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015471	ATA	2	6	42826	42831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015471	AAT	2	6	42852	42857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015471	TAA	2	6	43205	43210	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015471	AAT	2	6	43268	43273	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015471	AACC	2	8	43329	43336	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_015471	CTAAA	2	10	45668	45677	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_015471	AAT	2	6	45723	45728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015471	GATC	2	8	45740	45747	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_015471	AAG	2	6	45884	45889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015471	ATA	2	6	45964	45969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015471	TAA	2	6	45973	45978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015471	TTA	2	6	47800	47805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015471	CAA	2	6	47857	47862	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_015471	CAGA	2	8	47866	47873	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_015471	AG	3	6	47907	47912	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_015471	T	6	6	48310	48315	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_015471	ATT	2	6	48316	48321	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_015471	CCA	2	6	49152	49157	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
154	NC_015471	GAT	2	6	49166	49171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_015471	TCC	2	6	49512	49517	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
156	NC_015471	TAA	2	6	49909	49914	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_015471	TAG	2	6	49920	49925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_015471	ATAC	2	8	49957	49964	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
159	NC_015471	AG	3	6	50060	50065	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
160	NC_015471	TAAAC	2	10	50094	50103	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
161	NC_015471	ACA	2	6	50183	50188	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_015471	GC	3	6	50760	50765	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
163	NC_015471	C	6	6	50776	50781	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
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165	NC_015471	GA	3	6	50882	50887	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
166	NC_015471	A	6	6	51011	51016	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_015471	ACC	2	6	54120	54125	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
169	NC_015471	TTTG	2	8	54134	54141	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.